生物有機肥根據(jù)作物的不同選擇不同的施肥方法，常用的施肥方法有：
生物有機肥使用之撒施法：結(jié)合深耕或在播種時將生物有機肥均勻地施在根系集中分布的區(qū)域和經(jīng)常保持濕潤狀態(tài)的土層中，做到土肥相融。
生物有機肥使用方法之條狀溝施法：條播作物或葡萄、獼猴桃等果樹，開溝后施肥播種或在距離果樹5厘米處開溝施肥。
生物有機肥使用方法之環(huán)狀溝施法：蘋果、桃、柑桔等幼年果樹，距樹干20--30厘米，繞樹干開一環(huán)狀溝，施肥后覆土。
生物有機肥使用方法之放射狀溝施：蘋果、桃、柑桔等成年果樹，距樹干30厘米處，按果樹根系伸展情況向四周開4--5個50厘米長的溝，施肥后覆土。
生物有機肥使用方法之穴施法：點播或移栽作物，如玉米、棉花、西紅柿等，將肥料施入播種穴，然后播種或移栽。
生物有機肥使用方法之拌種法：玉米、小麥等大粒種子，用4公斤生物有機肥與畝用種子量拌勻后一起播入土壤；油菜、煙草、蔬菜、花卉等小粒種子，用1公斤生物有機肥與畝用種子量拌勻后一起播入土壤。
生物有機肥使用方法之蘸根法：對移栽作物，如水稻、西紅柿等，按生物有機肥加5份水配成肥料懸濁液，浸蘸苗根，然后定植。
生物有機肥使用方法之蓋種肥法：開溝播種后，將生物有機肥均勻地覆蓋在種子上面。