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肥料菌種之種類，無外乎如下幾類:一是酵素菌類。酵素菌是一種復合型菌類，由細菌、酵母菌和放線菌等3大類構成。該種復合菌起源于日本，對分解有機物質具有明顯的效果，通常被作為有機肥料的腐解劑，但不具備解磷、釋放生理活性物質和抑制土傳病害的功能。二是根瘤菌類。該種菌類歸屬細菌類范疇，歐洲、中國比較常用。它可以通過自身的固氮功能，可以將空氣中的氮素固定到根瘤中，再通過根瘤將氮素輸送給豆科植物，對禾本科作物沒有效果。該菌種生物功能性比較單一，不具備分解土壤有機物質、解磷及其釋放生理活性物質的功能。三是硅酸鹽類解磷解鉀細菌。由于該菌種嚴重退化，加之菌種自身功能的局限性，使用效果已明顯降低。四是芽孢桿菌類菌種。該菌種對植物的防病、抑病效果較好，但對分解和轉化土壤中的有機物質、活化土壤中被固定態(tài)磷、釋放植物生理活性物質效果不明顯。五是真菌類生物菌種。PPF促生真菌是一種青霉屬類真菌。該種真菌通過其特有的內生與外生菌根，可以分泌多種酶類，這些酶類對土壤中有機物質的降解和被固定態(tài)磷酸鹽的活化具有顯著的效果可以明顯提高根底土壤的養(yǎng)分庫容。PPF促生真菌的代謝產物，可以有效抑制土壤中病原菌和病毒的生長與繁殖，凈化土壤，減輕土傳病害的發(fā)生。其菌根分泌大量的生理活性物質，例如:細胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素等，這些生理活性物質，可以明顯提高植物的發(fā)根力和對某些中、微量元素的吸收能力，促進植物生長發(fā)育，增加抗旱、抗病、耐鹽堿等抗逆性能。