生物肥是含有大量有益微生物并以這些微生物的生物化學(xué)作用來改善作物營養(yǎng)和生長條件為主要功效的肥料。有益微生物主要有根瘤菌（生物固氮）、解磷菌（活化土壤中難溶性磷）、解鉀菌，又名硅酸鹽細菌（分解、釋放土壤中的礦物鉀）、抗生菌，如“5406”（能抑制或殺滅有害真菌和細菌、刺激作物生長和活化土讓難溶磷）和酵素菌（促進有機物轉(zhuǎn)化）等。菌肥的實際肥效往往還與其中維持微生物生命活動的基質(zhì)有關(guān)。
生物肥料作為農(nóng)資產(chǎn)品，必需在活菌數(shù)、雜菌率、有效期等方面達到一定的質(zhì)量要求（NY227—94）。除了農(nóng)用微生物菌劑外，還有以此為基礎(chǔ)的復(fù)合微生物肥料和生物有機肥。復(fù)合微生物肥料是指特定農(nóng)用微生物與營養(yǎng)物質(zhì)復(fù)合而成，能提供、保持或改善植物營養(yǎng)，提高農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)量或質(zhì)量的活體微生物制品。按NG/T798—2004的技術(shù)標準，液體、粉劑、顆粒等不同劑型產(chǎn)品的總養(yǎng)分（N+P2O5+K2O）含量分別不得低于4%、6%和6%，但化肥含量也不是越高越好，過高將抑制微生物活性；生物有機肥是指特定農(nóng)用微生物與動植物廢棄物經(jīng)化、腐殖化處理得到的有機物料復(fù)合而成的肥料，他兼有微生物肥料和有機肥料的特點，按NY884—2004的技術(shù)標準，肥料的有機質(zhì)含量不得低于25%。
可以作基肥、追肥，可溝施或穴施，也可用來拌種、浸種、蘸根或葉面噴施，具體因菌肥類型而異。
（1）農(nóng)用菌劑，畝用2kg固態(tài)菌劑與40-60kg腐熟有機肥混合均勻后作基肥、追肥或育苗；將固態(tài)菌劑與營養(yǎng)土摻勻制作營養(yǎng)缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根；播前將種子浸入10-20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴濕，使種子與液態(tài)生物菌劑充分接觸后再播種；幼苗移栽前將根系浸入稀釋10-20倍的液態(tài)菌劑中，立即取出，或用上述稀釋液噴濕幼苗根系；將菌劑稀釋100倍后用于灌根或沖施；將菌劑稀釋500倍作葉面肥。
（2）復(fù)合微生物肥，可作基肥和追肥，畝施用量10-20kg；稀釋500倍作葉面肥，按產(chǎn)品說明書要求噴施。
（3）生物有機肥，可作基肥和追肥，作基肥時畝施用量約100kg，配施適量農(nóng)家肥；作追肥用量適當(dāng)減少，較化肥提前7-10天施入，且應(yīng)配施適量化肥。
此外，當(dāng)土壤氮磷鉀養(yǎng)分含量較高或大量施用氮磷鉀化肥時，根瘤菌、解磷、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過量就會抑制根瘤菌的活動，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在貯存時不能與農(nóng)藥、化肥和過酸、過堿物質(zhì)混放；不要與大量化肥或酸堿性化肥混施；土壤過酸、過堿或干旱都影響菌肥效應(yīng)發(fā)揮。