生物有機肥的不同尋常的功能主要依靠具有特殊功能微生物菌種的“特殊功能”來實現(xiàn)的，而該種特殊作用的主要表現(xiàn)在如下幾個方面：
一、促使農(nóng)作物健康生長。
主要是通過功能菌在農(nóng)作物的根部生活并發(fā)揮功能。這種能力主要是經(jīng)過功能菌產(chǎn)生促使作物生長的物質(zhì)所體現(xiàn)的，不同于和生物有機肥料中增添激素的作用。
二、增強作物的防病抗病性能，也就是生物防治效益。
該種菌種的作用于病原菌的方式通常有三類：1、拮抗作用。產(chǎn)生拮抗物質(zhì)直接控制病原菌的成長。2、競爭作用。從營養(yǎng)元素吸收利用等方面來控制病原菌生長，通常情況下這種菌種生長的速度非？。3、寄生作用。主要以病原菌為寄生，直接寄生到病原菌身上造成病原死亡。
三、提升肥料利用率。
在當前市場上生物有機肥被宣傳得比較多，主要有固氮、解鉀、活磷等作用。固氮能力主要有三種：1、共生固氮。以根瘤菌為主要，菌種寄主具有專一性，固氮能力非常強，通常在豆科植物上共生固氮。但是因為該類菌種都是為革蘭氏陰性細菌，對保存非常不理，作為產(chǎn)品進行貨架銷售非常困難，因為通常是拿到菌種即拌種使用。2、自生固氮作用。菌種在農(nóng)田里德表現(xiàn)為不固氮或者固氮能力比較小。3、聯(lián)合固氮。菌種相對來說專一，能力比較強，但是當前研究以及推廣使用的比較少，所以，必須謹防產(chǎn)品包裝上對于固氮作用的夸大。