土壤的連年耕種，讓土壤困乏不堪，土壤需要一次自己的改革，改善土壤機(jī)理，就用微生物肥料為土壤造福。
堆肥的有機(jī)原料中加入高纖維質(zhì)有機(jī)物，如稻稈、麥稈、蔗渣、稻谷等，再配合化肥及土壤微生物同時(shí)耕入土中，可得良好土壤改良之效果。高纖維提供微生物的棲息環(huán)境微生物并由堆肥及化肥取得了所需營養(yǎng)而大量繁殖，建立良好土壤“生物相”。微生物在土壤中可分泌大量多醣類黏液、促使土壤團(tuán)；，并在土壤中不斷緩慢發(fā)酵以疏松土質(zhì)。
秸稈纖維質(zhì)可助土壤吸水性、空隙度及排水性，直接促進(jìn)土壤“物理相”。土壤微生物從而棲息繁衍并分泌大量生化物質(zhì)，包括活性酶、抗菌素、抑蟲素、溶磷物質(zhì)、維生素、促長素等等，以改良土壤的“生化相”。秸稈纖維質(zhì)、有機(jī)、無機(jī)肥份與菌種的同時(shí)投入能促進(jìn)有益微生物的繁殖進(jìn)而同步改善土壤“生物相”、“物理相”及“生化相”之平衡達(dá)到完善土壤改良的效果。
多雨的季節(jié)農(nóng)作物因根部浸水而腐爛，其實(shí)爛根的主兇并不是單純的水分而是溶于水中的硫化氫、氨氣、甲硫醇等毒素。這些有害氣體一部分由蛋白質(zhì)分解及氮肥脫氨而產(chǎn)生，另外也有一部分硫化氫由土壤中厭氣性菌，如硫酸還元菌施肥不當(dāng)所產(chǎn)生的氨氣，對生物、環(huán)境空氣有害，在淹水狀態(tài)下繁殖而產(chǎn)生，這些氣體溶于水中接觸根部，將會毒害組織而造成爛根，同時(shí)病害菌就乘機(jī)侵入根部而造成各種病害及落花、落果等現(xiàn)象。
土壤微生物群中，如光合成菌，它在淹水缺氧的條件下可利用硫化氫、二氧化碳、水及日光或熱能，將之轉(zhuǎn)化成單醣類及硫酸根，而硫酸根又能與氨合成為硫酸氨，成為植物的養(yǎng)分。不但產(chǎn)生葡萄糖又使硫化氫、氨氣的毒性從泥水中消失，而且還能把它們轉(zhuǎn)變成有用的養(yǎng)分，一舉兩得，這就是有益土壤微生物的一大功勞。